Komiks se odehrává pět let po událostech původní mangy. Major je momentálně známá jako Motoko Aramaki a dělá bezpečnostního důstojníka v obřím mezinárodním konglomerátu. Dokáže digitálně převádět své schopnosti a vědomí do těl kyborgů, které má rozmístěné po celém světě – což se hodí, když bojuje s průmyslovými špiony, zabijáky a hackery. Ovšem v hlubinách moderní technologie se začíná rodit umělá inteligence – a když se práce experta na tuhle oblast, doktora Rahampola, dostane do nepovolaných rukou, může to ohrozit jak celý svět, tak i samotnou Motoko.